COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-04 17:00:00 21.371322 21.371322 21.846789
2021-04-03 17:00:00 20.667230 20.667230 21.865590
2021-04-02 17:00:00 21.055057 21.055057 21.883912
2021-04-01 17:00:00 23.412765 23.412765 21.827822
2021-03-31 17:00:00 22.449849 22.449849 21.676268
2021-03-30 17:00:00 17.836899 21.371322 21.491684
2021-03-29 17:00:00 23.590437 23.590437 21.368339

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-04 17:00:00 26.937269 16.635916 17.034431
2021-04-03 17:00:00 12.661790 12.661790 17.278354
2021-04-02 17:00:00 21.632653 21.632653 17.676911
2021-04-01 17:00:00 19.710145 19.710145 17.544969
2021-03-31 17:00:00 19.076549 19.076549 17.404171
2021-03-30 17:00:00 8.533185 8.533185 17.219761
2021-03-29 17:00:00 21.313035 21.313035 16.919703

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-04 17:00:00 23.611111 19.833333 21.227529
2021-04-03 17:00:00 15.719064 15.719064 21.416354
2021-04-02 17:00:00 23.748212 23.748212 21.555269
2021-04-01 17:00:00 27.675841 20.336391 21.540240
2021-03-31 17:00:00 24.587459 24.587459 21.546288
2021-03-30 17:00:00 22.535211 22.535211 21.556911
2021-03-29 17:00:00 14.864865 21.173469 21.504121

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-04 17:00:00 20.118110 20.118110 13.548330
2021-04-03 17:00:00 12.434083 12.434083 13.589791
2021-04-02 17:00:00 13.255416 13.255416 13.548899
2021-04-01 17:00:00 14.277899 14.277899 13.577422
2021-03-31 17:00:00 12.192551 12.192551 13.500815
2021-03-30 17:00:00 11.312217 11.312217 13.380017
2021-03-29 17:00:00 14.075630 6.965864 13.338033

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-04 17:00:00 14.183764 14.183764 15.078483
2021-04-03 17:00:00 15.926767 15.926767 15.028279
2021-04-02 17:00:00 15.213372 15.213372 15.001988
2021-04-01 17:00:00 15.429821 15.429821 14.947979
2021-03-31 17:00:00 17.536534 14.585443 14.773581
2021-03-30 17:00:00 16.452254 15.124621 14.720524
2021-03-29 17:00:00 17.882821 15.055797 14.674813

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-04 17:00:00 44.293903 44.293903 46.917815
2021-04-03 17:00:00 50.881684 50.881684 47.092479
2021-04-02 17:00:00 47.780679 47.780679 47.484024
2021-04-01 17:00:00 47.170795 47.170795 47.331295
2021-03-31 17:00:00 34.935522 34.935522 46.809306
2021-03-30 17:00:00 36.669756 36.669756 46.608779
2021-03-29 17:00:00 80.311502 80.311502 47.193460

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-04 17:00:00 15.666514 15.666514 16.468682
2021-04-03 17:00:00 14.932276 14.932276 16.567507
2021-04-02 17:00:00 16.239316 16.239316 16.915697
2021-04-01 17:00:00 18.997361 18.997361 17.325466
2021-03-31 17:00:00 18.543046 18.543046 17.519002
2021-03-30 17:00:00 18.648310 18.648310 17.698877
2021-03-29 17:00:00 25.315391 9.725363 18.072755

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-04 17:00:00 7.798658 7.798658 8.779374
2021-04-03 17:00:00 7.710490 7.710490 8.836147
2021-04-02 17:00:00 10.559348 10.559348 8.891581
2021-04-01 17:00:00 9.579902 9.579902 8.954430
2021-03-31 17:00:00 9.402424 9.402424 8.948936
2021-03-30 17:00:00 7.902962 7.902962 8.959979
2021-03-29 17:00:00 14.217673 7.257772 8.888581

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-04 17:00:00 18.873110 18.873110 16.659265
2021-04-03 17:00:00 18.088871 18.088871 16.767609
2021-04-02 17:00:00 18.266254 18.266254 16.800278
2021-04-01 17:00:00 21.933889 14.581403 16.865338
2021-03-31 17:00:00 13.841706 13.841706 16.839426
2021-03-30 17:00:00 12.535247 18.097705 16.708122
2021-03-29 17:00:00 134.800000 12.523226 16.458501

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-04 17:00:00 35.597440 35.597440 37.806201
2021-04-03 17:00:00 37.420757 37.420757 37.883888
2021-04-02 17:00:00 34.953437 34.953437 37.955799
2021-04-01 17:00:00 34.865453 34.865453 37.938890
2021-03-31 17:00:00 35.458633 35.458633 37.726128
2021-03-30 17:00:00 44.753044 44.753044 37.442269
2021-03-29 17:00:00 30.834050 67.790198 36.296789

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-04 17:00:00 17.468902 11.250435 16.875615
2021-04-03 17:00:00 19.449110 19.449110 17.193211
2021-04-02 17:00:00 21.563432 21.563432 17.485483
2021-04-01 17:00:00 17.613020 17.613020 17.658363
2021-03-31 17:00:00 23.377752 23.377752 17.836344
2021-03-30 17:00:00 10.673077 10.673077 17.856727
2021-03-29 17:00:00 31.266846 7.782623 17.547818

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-04 17:00:00 7.259528 7.259528 5.609767
2021-04-03 17:00:00 5.871886 5.871886 5.636507
2021-04-02 17:00:00 9.717314 9.717314 5.646052
2021-04-01 17:00:00 7.003891 7.003891 5.451796
2021-03-31 17:00:00 3.074141 3.074141 5.347409
2021-03-30 17:00:00 0.892857 0.361664 5.319904
2021-03-29 17:00:00 9.740260 2.717391 5.345819

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-04 17:00:00 10.175879 10.175879 9.064445
2021-04-03 17:00:00 11.310452 11.310452 8.782521
2021-04-02 17:00:00 9.109449 9.109449 8.797482
2021-04-01 17:00:00 7.563025 7.563025 8.719116
2021-03-31 17:00:00 8.146640 8.146640 8.711414
2021-03-30 17:00:00 9.453782 9.453782 8.631915
2021-03-29 17:00:00 13.833992 8.410596 8.610161

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-04 17:00:00 47.206704 47.206704 45.681897
2021-04-03 17:00:00 38.837920 38.837920 46.300063
2021-04-02 17:00:00 42.696629 42.696629 47.048240
2021-04-01 17:00:00 54.054054 54.054054 48.064712
2021-03-31 17:00:00 52.380952 52.380952 49.463055
2021-03-30 17:00:00 44.954128 44.954128 49.916767
2021-03-29 17:00:00 40.776699 40.776699 49.602022

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-04 17:00:00 25.145580 25.145580 25.213687
2021-04-03 17:00:00 23.169935 23.169935 25.366106
2021-04-02 17:00:00 24.390857 24.390857 25.497593
2021-04-01 17:00:00 27.624546 27.624546 25.502825
2021-03-31 17:00:00 25.169770 25.169770 25.708983
2021-03-30 17:00:00 22.853985 22.853985 25.623955
2021-03-29 17:00:00 31.464435 31.464435 25.237904

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-04 17:00:00 67.889908 67.889908 44.551664
2021-04-03 17:00:00 53.846154 53.846154 44.118160
2021-04-02 17:00:00 37.150127 37.150127 43.617154
2021-04-01 17:00:00 46.323817 46.323817 43.228184
2021-03-31 17:00:00 36.488748 36.488748 42.253870
2021-03-30 17:00:00 24.494706 24.494706 41.378495
2021-03-29 17:00:00 22.599195 53.910293 41.713045

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-04 17:00:00 9.085795 9.085795 10.131043
2021-04-03 17:00:00 8.721085 8.721085 10.255932
2021-04-02 17:00:00 12.327339 12.327339 10.229855
2021-04-01 17:00:00 9.244140 9.244140 10.213049
2021-03-31 17:00:00 12.371134 12.371134 10.064216
2021-03-30 17:00:00 8.109177 8.109177 9.941093
2021-03-29 17:00:00 12.528648 12.528648 9.772208

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-04 17:00:00 63.397876 63.397876 34.502019
2021-04-03 17:00:00 57.843697 57.843697 31.034925
2021-04-02 17:00:00 64.079706 64.079706 27.799755
2021-04-01 17:00:00 60.471698 44.952830 25.173774
2021-03-31 17:00:00 57.610193 31.818182 22.966377
2021-03-30 17:00:00 NaN 17.722772 21.146214
2021-03-29 17:00:00 15.821782 15.821782 19.499661

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-04 17:00:00 18.644651 18.644651 14.644441
2021-04-03 17:00:00 14.300971 14.300971 14.457813
2021-04-02 17:00:00 14.523557 14.523557 14.309212
2021-04-01 17:00:00 14.721545 14.721545 14.195103
2021-03-31 17:00:00 14.959634 14.959634 13.969822
2021-03-30 17:00:00 13.846515 13.846515 13.783392
2021-03-29 17:00:00 18.493027 9.938674 13.555542

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-04 17:00:00 25.418060 25.418060 21.597956
2021-04-03 17:00:00 15.251799 15.251799 21.983084
2021-04-02 17:00:00 23.304562 23.304562 21.460713
2021-04-01 17:00:00 22.924901 22.924901 21.469736
2021-03-31 17:00:00 21.121252 21.121252 21.514010
2021-03-30 17:00:00 19.935691 19.935691 21.094621
2021-03-29 17:00:00 38.888889 22.018349 20.470975

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-04 17:00:00 35.915493 35.915493 19.870842
2021-04-03 17:00:00 19.750000 19.750000 19.637888
2021-04-02 17:00:00 24.210526 24.210526 19.335317
2021-04-01 17:00:00 11.158798 11.158798 19.185795
2021-03-31 17:00:00 13.080169 13.080169 19.133671
2021-03-30 17:00:00 13.571429 23.312883 18.500351
2021-03-29 17:00:00 44.262295 8.424337 18.301893

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-04 17:00:00 32.262456 32.262456 26.925728
2021-04-03 17:00:00 26.626917 26.626917 27.224889
2021-04-02 17:00:00 18.752992 18.752992 27.529644
2021-04-01 17:00:00 32660.000000 29.254747 27.634074
2021-03-31 17:00:00 43.932499 43.932499 27.850866
2021-03-30 17:00:00 20.113920 20.113920 28.236076
2021-03-29 17:00:00 17.304493 17.304493 28.887256

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 26.937269 16.635916 17.034431
Basilicata 23.611111 19.833333 21.227529
Calabria 20.118110 20.118110 13.548330
Campania 14.183764 14.183764 15.078483
Emilia-Romagna 44.293903 44.293903 46.917815
Friuli Venezia Giulia 15.666514 15.666514 16.468682
Lazio 7.798658 7.798658 8.779374
Liguria 18.873110 18.873110 16.659265
Lombardia 35.597440 35.597440 37.806201
Marche 17.468902 11.250435 16.875615
Molise 7.259528 7.259528 5.609767
P.A. Bolzano 10.175879 10.175879 9.064445
P.A. Trento 47.206704 47.206704 45.681897
Piemonte 25.145580 25.145580 25.213687
Puglia 67.889908 67.889908 44.551664
Sardegna 9.085795 9.085795 10.131043
Sicilia 63.397876 63.397876 34.502019
Toscana 18.644651 18.644651 14.644441
Umbria 25.418060 25.418060 21.597956
Valle d'Aosta 35.915493 35.915493 19.870842
Veneto 32.262456 32.262456 26.925728

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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